运输公司进项抵扣流程
1、登录电子税务局申报客户端，进入增值税模块，选择申报表填写。
2、在申报表列表中选择附表二，点击右侧的填写申报表。
3、打开附表二的填写页面，选择表中第一部分，申报抵扣的进项税额。
4、将旅客运输服务抵扣凭证的份数、金额和税额同时填入其他抵扣凭证之其他项目和本期用于抵扣的旅客运输服务扣税凭证项目中，对应的栏次分别是8b和10。
5、填写完成后，点击保存，完成旅客运输服务抵扣的报税填写。
货物运输业增值税专用发票可抵扣多少进项税额
1、货物运输业增值税专用发票可抵扣11%的进项税额。
相关规定： 财税【2011】111号附件1.《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》第十二条 提供交通运输业服务，税率为11%。
3、第二十二条下列进项税额准予从销项税额中抵扣... （一）从销售方或者提供方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
4、所以只要您单位用于应增值税应税项目的，取得的税率为11%的货物运输业增值税专用发票其进项税额可以抵扣。
5、国税函【2009】617号规定：增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
6、所以增值税专用发票是当月认证当月抵扣的，您的运输专用发票当月认证当月没有抵扣，按规定是不能再抵扣了。
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