现行增值税政策规定，农业生产者销售的自产农业产品免征增值税（农业生产者，包括从事农业生产的单位和个人）；对从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜免征增值税；农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税；对从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品免征增值税；采取“公司＋农户”经营模式，视同农业生产者销售自产农产品免征增值税。也就是说，增值税一般纳税人所购进农产品在上一个环节基本上是免征增值税。一般来说，享受免征增值税，相应不能开具增值税专用发票。但对国有粮食储备购销企业销售粮食免征增值税但可以开具增值税专用发票属于例外情形。作为一般纳税人购买农产品如何抵扣进项税？
一、从一般纳税人处取得专用发票。
购进农产品，取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，直接按票上的进项税额抵扣，不需要计算应抵扣的进项税。
例如：某公司从某一般纳税人企业购进小麦一批，对方开了增值税专用发票，金额10万元，税额0.9万元，此时，该公司直接按正常取得专票认证抵扣，可抵扣进项税为0.9万元。当然，如果用于生产或委托加工13%税率货物的农产品，还能加计抵扣1%。
二、从小规模纳税人处取得专用发票。
根据规定，购进农产品，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。用于生产13%税率的，按照10%扣除率计算进项税额。现政策规定，疫情期间小规模纳税人按照1%征收率计算缴纳增值税，并可以开具增值税专用发票。开具1%专票是否可以9%或10%计算抵扣？各地的答疑口径是不同的，纳税人执行的很混乱。
国家税务总局答疑的口径：从小规模纳税人处购进农产品取得1%专票不得按票面金额的9%或10%计算抵扣，只有取得3%的专票才可以。例如：某公司从某小规模纳税人企业购进小麦一批，取得代开的增值税专用发票，金额10万元，税额0.3万元，此时，该公司能抵扣的进项税=10×9%=0.9万元，计入原材料金额=10.3-0.9=9.4万元。
三、向农业生产者个人购进的自产农产品，可以凭自行开据的农副产品收购发票计算抵扣进项税。
农产品收购发票是指收购单位向农业生产者个人（不包括从事农产品收购的个体经营者）收购自产农业免税产品时，由付款方向收款方开具的发票。农户销售自产农产品免征增值税，企业在开具收购发票的时候也是免税开具。开具收购发票在“发票管理－发票填开”处选择“收购发票填开”。如果此处没有“收购发票填开”项目，则需要到主管税务机关进行申请。
开具收购发票应当注意：收购发票上的销售方（农户），要与购销合同上的销售方一致，销售方确实是给企业提供货物的人。企业给销售方支付货款时，收款人姓名应该与销售方名称一致。即保证业务真实性。
四、农产品生产单位销售自产农产品或向农民专业合作社销售的农产品以及采取“公司＋农户”经营模式销售的农产品，都是免征增值税，可以开具免税的农副产品销售发票。
作为购买方虽然索取的是免税的增值税普通发票，但仍然可以根据发票金额计算抵扣增值税。可以抵扣的进项税额=票面金额×9%，用于生产13%税率深加工产品按照10%扣除率计算进项税额。
注意：
一是纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额，未分别核算的，统一以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额或以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
二是纳税人购进农产品，在购入当期，应遵从农产品抵扣的一般规定，按照9%计算抵扣进项税额。如果购进农产品用于生产或者委托加工13%税率货物，则在生产领用当期，再加计抵扣1个百分点。
政策依据：
《中华人民共和国增值税暂行条例（2017年修订）》（国务院令第691号）
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则（2011年修订）》（财政部 国家税务总局令第65号）
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